Lượt trận cuối cùng bảng A, Thể Công-Viettel đánh bại Huế 2-1 để giữ ngôi đầu với 19 điểm. Trận hòa 1-1 giữa Hà Nội và Công An Hà Nội giúp đội bóng thủ đô giành vị trí nhì bảng (14 điểm), còn Công An Hà Nội đứng thứ ba với 12 điểm.
Bảng B chứng kiến sự áp đảo của PVF-CAND khi khép lại vòng loại với 24 điểm sau trận hòa 0-0 trước Thép Xanh Nam Định. SLNA vượt qua Hải Phòng 1-0 để đứng nhì bảng với 21 điểm. Đông Á Thanh Hóa cũng gây ấn tượng khi thắng đậm Luxury Hạ Long 8-2 ở lượt cuối.
Tại bảng C, TP.HCM đánh bại SHB Đà Nẵng 4-2, trong khi Gia Lai và LPBank HAGL hòa 3-3. Kết quả này giúp LPBank HAGL dẫn đầu với 15 điểm, SHB Đà Nẵng xếp nhì (13 điểm), còn TP.HCM đứng thứ ba (12 điểm).
Bảng D ghi nhận sự vượt trội của CLB BĐ TP.HCM với chiến thắng 4-1 trước Đồng Nai để kết thúc vòng loại với 22 điểm. An Giang (17 điểm) hòa Vĩnh Long 1-1, giữ vững vị trí nhì bảng. Becamex TP.HCM vượt qua Tây Ninh 2-1, cán đích thứ ba với 14 điểm.
Kết thúc vòng loại, 8 vé trực tiếp thuộc về 4 đội nhất bảng: Thể Công Viettel (A), PVF-CAND (B), LPBank HAGL (C), CLB BĐ TP.HCM (D, đồng thời là chủ nhà VCK), cùng 4 đội nhì bảng: Hà Nội (A), SLNA (B), SHB Đà Nẵng (C) và An Giang (D). Ba đội đứng thứ ba có thành tích tốt nhất là Công An Hà Nội (A), Thép Xanh Nam Định (B) và TP.HCM (C). Do CLB BĐ TP.HCM đã giành vé bằng thành tích, suất đặc cách chủ nhà được trao lại cho Becamex TP.HCM (D).
Như vậy, 12 đội góp mặt tại VCK Giải U17 Quốc gia – Cúp Thái Sơn Nam 2025 đã được xác định, hứa hẹn mang đến những màn tranh tài kịch tính và hấp dẫn của lứa cầu thủ trẻ triển vọng nhất cả nước.
